Un'eruzione vulcanica risveglia un incubo sepolto da trent'anni: è Godzilla! Nulla sembra poter fermare il colosso che, affamato di radioattività, si dirige prima verso una centrale nucleare, e affonda poi un sottomarino sovietico, causando un incidente internazionale. Tokyo rischia di venire polverizzata dai missili nucleari... a meno che la bizzarra teoria del professor Hayashida non si riveli esatta.

Anno: 1984

  Il film parte dalla fine di Il ritorno di Godzilla: nella Tokyo devastata dallo scontro con Godzilla, qualcuno si impadronisce del tessuto cellulare del gigantesco mostro verde. Cellule che assorbono radiazioni e si rigenerano: un tesoro inestimabile, conteso da organizzazioni senza scrupoli.

Anno: 1989

  Viaggiatori del tempo avvertono il governo giapponese che Godzilla causerà una catastrofe nucleare nel secolo seguente e suggeriscono di sbarazzarsi di lui ritornando al 1944, nell'isola in cui un dinosauro esposto alle radiazioni si trasformò nell'inarrestabile mostro. Ma le vie del tempo, degli uomini e dei mostri giganti sono molteplici...

Anno: 1991

  La Terra si ribella al male che gli esseri umani le stanno infliggendo. Almeno così sostengono le minuscole Cosmos, apparse a un gruppo di archeologi, che avvertono della prossima comparsa del malvagio Battra. Le Cosmos hanno il potere di evocare Mothra per combattere il mostro, ma ci si mette di mezzo Godzilla...

Anno: 1992

  L'esercito giapponese sfrutta i resti di Mecha King Ghidorah per realizzare una potentissima arma anti Godzilla, battezzandola MechaGodzilla.
Intanto su un'isola del Pacifico, alcuni ricercatori trovano un uovo che attira Rodan e Godzilla. Durante lo scontro fra i due, i ricercatori portano l'uovo in Giappone. Qui si schiude rivelando l'esistenza di un altro Godzillosauro. L'esercito giapponese intende sfruttare il piccolo per attirare Godzilla ad uno scontro aperto contro MechaGodzilla.

Anno: 1993

  Mentre alcuni scienziati tentano di controllare telepaticamente Godzilla, una stazione della NASA viene attaccata da una strana creatura, molto simile a Godzilla. Il Giappone manda contro questa minaccia il robot Moguera che viene sconfitto facilmente. La creatura atterra su un'isola dove rapisce il piccolo Godzillosauro. Godzilla si lancia alla ricerca del mostro per salvare il piccolo.

Anno: 1994

  1996: Birth Island, residenza del re dei mostri, viene distrutta misteriosamente. Contemporaneamente, Godzilla, con la pelle ricoperta di ferite ardenti, attacca Hong Kong. Lo studente Kenichi Yamane, nipote adottivo del professor Yamane, ritiene che Godzilla non sia più in grado di contenere le reazioni nucleari all'interno del suo corpo: se la potenza di Godzilla eruttasse completamente fuori, l'esplosione conseguente distruggerebbe l'intero Giappone. Per impedire ciò, la G-Force inizia a studiare gli effetti del Micro Oxygen, simili a quelli dell'Oxygen Destroyer, che neutralizzò Godzilla nel 1954. Intanto nelle fogne di Tokyo e in un acquario cominciano a svilupparsi strane creature...

Anno: 1995