Una roccia extraterrestre vecchia di 60 milioni di anni viene rinvenuta nelle profondità della fossa del Giappone. Durante il recupero essa si anima inaspettatamente, rivelandosi un'entità aliena in grado di assorbire e copiare il DNA di ciò con cui viene a contatto. Una volta assorbita l'energia di Godzilla, nel frattempo tornato a distruggere, essa si trasforma nel mostro Orga.

Anno: 1999

  Nel tentativo di annientare Godzilla una volta per tutte, l'esercito giapponese prepara un nuovo tipo di arma, capace di spedirlo in un'altra dimensione. Durante un test si crea però un tunnel con il passato, da cui giunge l'uovo di una feroce libellula preistorica: Meganura. Presto migliaia di libellule giganti inondano la città, con un solo compito: riportare in vita la loro regina, il mostruoso Megaguirus!

Anno: 2000

  All'inizio del 21mo secolo Godzilla sembra un ricordo lontano. Ma quando esso riemerge dal mare sembra non esserci più scampo per nessuno.
Contemporaneamente però strani fenomeni iniziano a manifestarsi in alcune località del Giappone, e la giornalista Yuri Tachibana viene a conoscenza della strana leggenda dei tre mostri guardiani...

Anno: 2001

  Per fronteggiare la minaccia di Godzilla le autorità giapponesi, con i loro migliori scienziati, dispongono la creazione di un robot gigante basandosi sullo scheletro del Godzilla originale ucciso nel '54.
Dopo 3 anni di lavoro il robot, soprannominato Kiryu, è pronto. Ma buon sangue non mente mai...

Anno: 2002

  Le due sacerdotesse di Mothra avvertono il governo giapponese che è stato un errore utilizzare le ossa del primo Godzilla per creare Mechagodzilla: è stato questo a provocarne il ritorno. Bisogna restituire le ossa al mare; in caso contrario l'umanità dovrà vedersela anche con Mothra. Le autorità giapponesi sono scettiche, mentre il ritorno di Godzilla è imminente.

Anno: 2003

  Nel 21esimo secolo la Earth Defense Force (EDF), composta da guerrieri dotati di poteri straordinari, difende la Terra dalla minaccia dei Kaiju. Il più terribile di questi, Godzilla, in seguito ad un duro scontro viene imprigionato tra i ghiacci dell'Antartide. Ma un pericolo ancora più grande incombe: gli alieni Xilien, fingendo di voler aiutare la razza umana, intendono in realtà distruggerla scatenando un attacco simultaneo di tutti i Kaiju. La EDF è a questo punto costretta a risvegliare il suo peggior nemico.

Anno: 2004