A causa di una tempesta alcuni marinai fanno naufragio sull'Infant Island, noto luogo di esperimenti nucleari. Una volta recuperati, questi raccontano di essere stati soccorsi da una misteriosa popolazione locale. Subito viene organizzata una spedizione, che scopre sull'isola un'inaspettata foresta tropicale, strane piante e soprattutto due misteriose e minuscole ragazze! Il capo della spedizione Nelson le rapisce per farne un'attrazione, ignaro così di suscitare l'ira della divinità protettrice dell'isola: Mothra!

Anno: 1961

  Un furioso maremoto fa approdare sulle coste giapponesi un gigantesco uovo che viene raccolto da alcuni speculatori, i quali allestiscono un recinto per consentire la visione a pagamento al pubblico. Due fate gemelle dell'Infant Island, però, reclamano quello che riconoscono come l'uovo di Mothra, divinità del loro regno, ma non vengono ascoltate. Quando però Godzilla attacca il Giappone un gruppo di volenterosi (con in testa uno scienziato ed un giornalista che hanno seguito la vicenda dall'inizio) chiede l'intervento di Mothra per la salvezza del loro paese.

Anno: 1964

  Un meteorite giunto sulla Terra trasporta con sé il drago a tre teste King Ghidorah. La principessa di un pianeta devastato dal mostro cerca di ottenere l'aiuto di Mothra per salvare la Terra, mentre anche Godzilla e Rodan fanno la loro ricomparsa. I tre mostri terrestri, dopo alcune scaramucce iniziali, si alleano per sconfiggere la minaccia rappresentata da King Ghidorah, mentre la principessa deve anche fronteggiare gli attacchi di alcuni cospiratori che intendono eliminarla.

Anno: 1964

  La storia si apre sulla vicenda di Ryota, che sfida i mari alla ricerca del fratello Yata, dichiarato disperso. Ma anche Ryota non ha sorte migliore: la sua imbarcazione viene dilaniata dalla tempesta e naufraga sull'isola di Letchi, dominata dalle truppe paramilitari dei Bamboo Rossi, che hanno ridotto in schiavitù gli indigeni e anche alcuni abitanti dell'Infant Island. Per controllare prigionieri e territorio, gli spietati aguzzini si servono di Ebirah, un terribile mostro marino simile a un enorme crostaceo. Ma il destino dei prigionieri cambierà grazie a Ryota che, ritrovato il fratello incolume, farà un'incredibile quanto provvidenziale scoperta: il corpo di Godzilla giace addormentato sull'isola. E sarà proprio il mitico mostro a fronteggiare Ebira per sconfiggere i Bamboo Rossi, mentre Mothra porterà in salvo gli umani.

Anno: 1966

  Il gigantesco Godzilla attacca New York! Il mostro alato Rodan devasta Mosca! Il serpente marino Manda demolisce Londra! La larva Mothra distrugge Pechino! Nulla sembra in grado di fermare la loro furia e gli eserciti di tutto il mondo cercano in ogni modo di annientarli. L'equipaggio dell'astronave SY-3 affronta i malvagi alieni Lilaak che li hanno liberati dall'isola prigione di Ogasawara.

Anno: 1968

  La Terra si ribella al male che gli esseri umani le stanno infliggendo. Almeno così sostengono le minuscole Cosmos, apparse a un gruppo di archeologi, che avvertono della prossima comparsa del malvagio Battra. Le Cosmos hanno il potere di evocare Mothra per combattere il mostro, ma ci si mette di mezzo Godzilla...

Anno: 1992

  Mentre alcuni scienziati tentano di controllare telepaticamente Godzilla, una stazione della NASA viene attaccata da una strana creatura, molto simile a Godzilla. Il Giappone manda contro questa minaccia il robot Moguera che viene sconfitto facilmente. La creatura atterra su un'isola dove rapisce il piccolo Godzillosauro. Godzilla si lancia alla ricerca del mostro per salvare il piccolo.

Anno: 1994

  Durante uno scavo viene inavvertitamente rimosso il sigillo che intrappolava da milioni di anni una creatura demoniaca: Desghidorah!
Belvera, una delle ultime sopravvissute dell'antica razza degli Elias, custodi di Mothra, s'impadronisce dell'artefatto, con l'intento di utilizzare il mostro per distruggere la razza umana che considera pericolosa. Per fermarla le sue due sorelle Moll e Lora invocano l'aiuto di Mothra, ormai anziana e debole: sarà infatti suo figlio Mothra Leo a ricacciare la creatura demoniaca nella sua prigione e a riportare la pace sulla Terra.

Anno: 1996

  Il mostro Dagahra, creato dall'antica civiltà dei Nirai Kanai per combattere l'inquinamento, minaccia la vita marina; Mothra sembra incapace di sconfiggerlo. L'unica soluzione è penetrare nell'antico tempio sommerso dei Nirai Kanai per scoprire il segreto del suo tesoro. Oltre a Moll e Lora, partecipano alla spedizione: tre ragazzini venuti in possesso di una misteriosa creatura di nome Ghogo, due imbranati furfanti e, naturalmente, Belvera, che spera di sfruttare il potere nascosto nel tempio per "ripulire" il mondo dai fastidiosi umani.

Anno: 1997

  La minaccia di King Ghidorah arriva di nuovo sulla Terra e questa volta rapisce dei bambini.
Soltanto Mothra può salvarli, viaggiando nel tempo per sconfiggere un più giovane King Ghidorah.

Anno: 1998

  All'inizio del 21mo secolo Godzilla sembra un ricordo lontano. Ma quando esso riemerge dal mare sembra non esserci più scampo per nessuno.
Contemporaneamente però strani fenomeni iniziano a manifestarsi in alcune località del Giappone, e la giornalista Yuri Tachibana viene a conoscenza della strana leggenda dei tre mostri guardiani...

Anno: 2001

  Le due sacerdotesse di Mothra avvertono il governo giapponese che è stato un errore utilizzare le ossa del primo Godzilla per creare Mechagodzilla: è stato questo a provocarne il ritorno. Bisogna restituire le ossa al mare; in caso contrario l'umanità dovrà vedersela anche con Mothra. Le autorità giapponesi sono scettiche, mentre il ritorno di Godzilla è imminente.

Anno: 2003

  Nel 21esimo secolo la Earth Defense Force (EDF), composta da guerrieri dotati di poteri straordinari, difende la Terra dalla minaccia dei Kaiju. Il più terribile di questi, Godzilla, in seguito ad un duro scontro viene imprigionato tra i ghiacci dell'Antartide. Ma un pericolo ancora più grande incombe: gli alieni Xilien, fingendo di voler aiutare la razza umana, intendono in realtà distruggerla scatenando un attacco simultaneo di tutti i Kaiju. La EDF è a questo punto costretta a risvegliare il suo peggior nemico.

Anno: 2004